Effectuant son vol initial le 21 décembre 1936 avec deux moteurs Daimler-Benz Daimler-benz DB 600Aa de 1000 ch (746 kW), cette machine trouvait ses origines dans une spécification émise par le RLM concernant un bombardier triplace à grande vitesse. Equipé de deux Junkers Jumo de 1000 ch (746 kW), le troisième prototype atteignit la vitesse de 520 km/h au cours de ses évaluations, la firme allemande engageant, en mars 1939, le cinquième prototype dans une tentative de record au cours de laquelle l'avion parcourut un circuit fermé de 1000 km à la vitesse de 517 km/h avec une charge utile de 2 000 kg. Une dizaine d'appareils expérimentaux furent réalisés, le premier Junkers Ju 88 A-0 de présérie quittant le sol au commencement de 1939. Quant au Junkers Ju 88 A-1 de série, il entra en service au sein de la Luftwaffe en septembre de la même année. Si l'engagement en opérations du Junkers Ju 88 mit en relief les bonnes performances de cet appareil en même temps que l'importance de la charge de bombes qu`il était capable d'emporter, les responsables de la Luftwaffe durent bien admettre l'insuffisance dramatique de son armement défensif. Cette constatation déboucha sur la mise au point du Ju 88A-4, lequel disposait d'une voilure à l'envergure accrue, d'une structure renforcée et d'une puissance de feu plus importante. Cet avion constitua la base du développement d'un nombre considérable de versions, la série Ju 88A donnant lieu à elle seule à la réalisation de dix-sept variantes (Junkers Ju 88 A-1 à Junkers Ju 88 A-17). La mise au point du Junkers Ju 88 B, une machine au nez largement vitré pourvue de moteurs BMW 801MA en étoile de 1 600 ch (1 193 kW), débuta alors que le Junkers Ju 88 A était encore en cours de production. Les essais en vol ayant montré des insuffisances enmatière de performances, à peine une dizaine de Junkers Ju 88 B-0 de présérie fur ent assemblés. Presque aussi rapide que les chasseurs de son temps, le Junkers Ju 88 affichait une excellente manœuvrabilité, qui se trouva améliorée sur le Junkers Ju 88 C. En ce qui concerne le Junkers Ju 88 C-1, son développement fut abandonné; cet appareil devait mettre en œuvre des moteurs BMW 801MA, que le RLM entendait réserver au Focke-Wulf Fw 190. Extrapolé du Ju 88A-1 et doté d'un nez plein, dans lequel avaient été installés un canon MG FF de 20 mm et trois mitrailleuses MG 17 de 7,92 mm, le Junkers Ju 88 C-2 fut donc la première version de cette série à être produite avec un armement défensif comprenant deux mitrailleuses MG 15 de 7,92 mm. Quant au Junkers Ju 88 C-4, il s'agissait d'un chasseur lourd de reconnaissance, le Junkers Ju 88 C-5 se présentant comme un avion de chasse lourde amélioré, et le Junkers Ju 88 C-6a comme un Junkers Ju 88 C-5 perfectionné. Le Junkers Ju 88 C-6c était affecté aux missions de chasse de nuit, les Junkers Ju 88 C-7a et Junkers Ju 88 C-7b étant des appareils destinés à l'intrusion nocturne. Enfin, le Junkers Ju 88 C-7c était une machine de chasse lourde, les chasseurs de nuit Junkers Ju 88 R-1 et Junkers Ju 88 R-2 étant pourvus de BMW 801MA. Dérivée du Junkers Ju 88 A-4, la série Junkers Ju 88 D concernait des appareils de reconnaissance à long rayon d'action, les Junkers Ju 88 D-1, Junkers Ju 88 D-2, Junkers Ju 88 D-3, Junkers Ju 88 D-4 et Junkers Ju 88 D-5 se différenciant par leur motorisation et des améliorations de détail. Quant à la série Junkers Ju 88 G, elle concernait des versions de chasse de nuit, lesquelles commencèrent à prendre la relève des Junkers Ju 88 C et Junkers Ju 88 R dès le début de l'été de 1944. Equipé d'un radar d'interception efficace et d'un armement puissant, le Junkers Ju 88 G fut un formidable intercepteur nocturne qui occasionna de lourdes pertes aux bombardiers de la RAF . A ces machines succéda le Junkers Ju 88 H au fuselage allongé et à la capacité en carburant accrue, le Junkers Ju 88 H-1 étant, quant à lui, un avion de reconnais sance, et le Junkers Ju 88 H-2 un appareil de chasse . Le chasseur de chars Junkers Ju 88 P fut développé à partir du Junkers Ju 88 A-4, le Junkers Ju 88 P-1 comportant un canon PaK 40 de 75 mm, tandis que les Junkers Ju 88 P-2, Junkers Ju 88 P-3 et Junkers Ju 88 P-4 avaient reçu des combinaisons d'armes variées . Les performances des chasseurs alliés ne faisant qu'augmenter, provoquant une recrudescence des pertes, la firme allemande mit au point le bombardier rapide Junkers Ju 88 S et l'appareil de reconnaissance photographique Junkers Ju 88 T, qui furent les ultimes versions de série . Quand la production prit fin, quinze mille machines de série avaient quitté les chaînes d'assemblage . Ces chiffres montrent bien que le rôle considérable que le Junkers Ju 88 joua au sein de la Luftwaffe .