A l'origine du Junkers Ju 188 se trouve le Junkers Ju 88, et plus exactement le Junkers Ju 88 B-0. Celui-ci disposait d'un nez vitré en forme d'oeuf, qui s'accordait avec harmonie avec la nacelle ventrale "Bola". Ce nez vitré était caractéristique des bombardiers allemands et donnait une excellente visibilité. Cependant, lorsque le Junkers Ju 88 B-0 vola, le RLM considéra qu'il n'apportait pas grand chose au Ju 88A et abandonna cette version, remplacée par des versions ultérieures du Ju 88 avec moteurs BMW 801. En 1942, le Junkers Ju 88 semblait au bout de son potentiel et sa relève, en l'occurrence le Ju 288, n'arrivait toujours pas. Le Junkers Ju 88 B ressuscita, comme mesure d'intérim. L'unique Junkers Ju 88 E-0 fut donc modifié avec des mitrailleuses supplémentaires, soit une MG 131 de 13 mm tirant vers l'avant, une autre vers l'arrière, et une MG 81Z de 7,92 mm jumelée placée dans la nacelle arrière. Un Junkers Ju 88 A-1 fut modifié en Junkers Ju 88 V-44, avec une envergure accrue (le bout de l'aile était très fin) et une dérive agrandie et de forme plus trapézoïdale. Cet appareil fut plus tard désigné Junkers Ju 188 V-1. Il vola pour la première fois en mars 1942. Un second prototype vola en janvier 1943. Cependant, le RLM demanda à ce que le Junkers Ju 188 puisse être motorisé indifférement par des BMW 801 ou des Junkers Jumo 213, dont les performances en haute altitude étaient prometteuses. Cela donna donc 2 versions distinctes: le Junkers Ju 188 A propulsé par des Junkers Jumo 213 A de 1750 ch et le Junkers Ju 188 E motorisé par des BMW 801 G-2 de 1700 ch. Les premiers Junkers Ju 188 E-1 de série entrèrent en service en février 1943. La première mission de guerre fut le bombardement d'une usine à Lincoln, Lincolnshire le 18 août 1943. Les versions Junkers Ju 188 A et Junkers Ju 188 E furent livrées simultanément, et environ 500 exemplaires furent construits jusqu'à l'été 1944. Malgré quelques points positifs, le Junkers Ju 188 n'a pportait pas grand chose par rapport au Junkers Ju 88: la charge offensive était identique, la vitesse n'était guère supérieure (513 km/h), la tourelle dorsale ne contenait qu'une mitrailleuse. Le Junkers Jumo 213 étant peu disponible, la version A fut rare. Celle-ci se subdivisait en version de base A-1, en version Junkers Ju 188 A-2 dotée d'un système d'injection d'eau MW 50 (livrée début 1944) et en version Junkers Ju 188 A-3 de lutte anti-navires (2 torpilles de 800 kg et radar FuG 200 Hohentwiel, peu d'exemplaires). La version Junkers Ju 188 E se subdivisait en Junkers Ju 188 E-1 de base et Junkers Ju 188 E-2 de lutte anti-navires (même équipement que le Junkers Ju 188 A-3). Il n'y eut pas de version Junkers Ju 188 B afin d'éviter toute confusion avec le Junkers Ju 88 B. La version Junkers Ju 188 C était dotée d'une tourelle en queue FA15 équipée de 2 mitrailleuses MG 131, commandée à distance. Cependant, son manque de fiabilité fut tel que la version fut abandonnée. Début 1944, apparurent les versions de reconnaissance. L'arme placée en avant et le viseur furent enlevés, et des réservoirs supplémentaires furent installés afin de porter l'autonomie à 3400 km. Les Junkers Ju 188 D-1 et Junkers Ju 188 F-1 étaient les versions de reconnaissance basées respectivement sur les Junkers Ju 188 A-1 et Junkers Ju 188 E-1. Les Junkers Ju 188 D-2 et Junkers Ju 188 F-2 emportaient un radar dans le nez pour la reconnaissance maritime. Le gros problème du Junkers Ju 88, qu'on retrouva sur le Junkers Ju 188, était une soute trop petite : il fallait emporter une partie de l'armement en externe, ce qui réduisait les performances . Les Junkers Ju 188 G et Junkers Ju 188 H devaient résoudre ce problème par l'allongement de la cellule et l'ajout d'une soute en bois . Le Junkers Jumo 213 étant réservé aux chasseurs, seuls les versions Junkers Ju 188 G-2 (bombardement) et Junkers Ju 188 H-2 (reconnaissance) furent planifiées . Elles ne purent entrer en production avant la fin de la guerre . A l'été 1944, 3 Junkers Ju 188 E furent modifiés en Junkers Ju 188 R de chasse de nuit, avec l'ajout d'un radar et de 4 canons MG 151/20 de 20 mm (ou 2 canons MK 103 de 30 mm) dans le nez . Cependant, la traînée induite par le radar fit baisser les performances à tel point que le Junkers Ju 188 R-0 ne fut pas commandé . Enfin, les versions de haute altitude menèrent directement au Junkers Ju 388 . Le Junkers Ju 188 fut populaire auprès de ses équipages . Cependant, il fut retiré du service comme bombardier dès 1944 et servit essentiellement à la reconnaissance : la moitié des Ju 188 fut produite pour ce rôle . 1076 exemplaires furent construits . La Grande-Bretagne captura un Junkers Ju 188 A-2 et un Junkers Ju 188 A-3, l'équipage de ce dernier s'étant rendu le 2 mai 1945 . La France utilisa 5 Junkers Ju 188 E au sein de la flottille 10S après guerre, essentiellement pour des tests de moteurs ou de torpilles . 4 à 7 exemplaires auraient été utilisés par l'Armée de l'Air .